Pays de Vaud, 1536, les Bernois cimentent leur conquête avec de nouvelles idées religieuses. Les abbayes sont la première cible de leur tactique consistant à déraciner l'ancienne foi. Ce roman retrace la sécularisation de l'une d'entre elles, l'abbaye du lac de Joux, surtout dans son versant humain. Terre reculée et inhospitalière, la Vallée de Joux est née socialement de communautés monastiques auxquelles de la main-d'oeuvre laïque s'est ajoutée. Elle a pour maître le seigneur de l'abbaye du lac qui vit d'un côté du lac avec ses moines alors que les habitants sont massés de l'autre côté. À la nouvelle de l'arrivée des Bernois, Dom Claude Pollens, le 34e abbé, prend les devants et s'en va jurer fidélité aux nouveaux maîtres, pensant ainsi préserver ses privilèges et sa religion. Plus tard dans l'année 1536, la dispute de Lausanne animée par les célèbres Calvin, Farel et Viret voit cependant la religion réformée triompher et être officiellement imposée partout. Les moines sont alors tous sommés d'accepter la Réforme ou de partir. Les vieux seront pensionnés, les jeunes sont invités à descendre à Lausanne se recycler comme ministres de l'Evangile. Trois passages successifs des commissaires bernois voient chaque fois de nouveaux moines s'en aller, alors que l'abbé ne peut plus qu'essayer de gagner du temps. Il se retrouve bientôt dans une abbaye vide, avec des anciens sujets qui s'empressent d'enlever les croix des sommets et de renouer avec les anciens rites païens, le tout sous les yeux d'un novice qui lui est resté fidèle. En même temps, Dom Claude renoue avec une nonne connue dans sa jeunesse dans l'espoir de se marier peut-être. L'obligation d'abjurer publiquement après tant tergiversé le forcera à aller l'enlever directement en son couvent. Le voilà bientôt flanqué d'un pasteur résidant quasiment sous son nez et qui veut ouvrir une école pour y enseigner à lire aux enfants. Ce sera le signal du départ définitif du dernier abbé du Lac.