Dans Le mystère du code caché, Thibault Marchand remarque de mystérieux signes gravés dans un vieil arbre tandis qu'il va secourir un chat. M. Gordon, son grand-père, lui explique qu'il s'agit d'un message codé. Les nouveaux amis des cousins, Matthieu et Amandine, sont très excités à la vue du message, mais ils refusent de dire pourquoi. Qu'essaient-ils de cacher ? Les trois cousins parviendront-ils à le découvrir avant qu'il soit trop tard ?